Élevée au XIIe siècle et reconstruite au XVIe siècle, l'église Santiago el Mayor se dresse comme une flèche de pierre, arrogante et monumentale, pour dépasser en hauteur tous les immeubles de
Puente la Reina, cette étape de la voie jacobite de la Zone Moyenne de Navarre. Elle se trouve au milieu de l'étroite rue Mayor qu'emprunte le Chemin de Compostelle.
De l'église romane primitive seuls subsistent quelques pans de mur et deux portails - l'un sur le devant de l'église et l'autre du côté de l'Épître -. Le premier, caché dans une ruelle transversale, date de la fin du XIIe siècle. Il présente un arc en plein cintre évasé, des archivoltes et des colonnes aux chapiteaux décorés de motifs végétaux. Quant au deuxième portail, il est tout simplement magnifique. Construit au début du XIIIe siècle, il présente cinq archivoltes décorées de sculptures effacées par le temps et un arc intérieur lobé d'influence mauresque.
La partie romane, et donc plus ancienne, de l'édifice se distingue par sa couleur, grisâtre, qui contraste avec les pierres de taille mieux conservées du XVIe siècle.
L'édifice a été modifié de fond en comble au milieu du XVIe siècle. Sur l'église primitive, une église sur plan en croix latine est alors construite, avec sa nef à deux travées, croisée, transept, chevet polygonal et quatre petites chapelles qui s'ouvrent sur la nef. L'ensemble est couvert d'une voûte sur croisée d'ogives.
Sa tour-clocher octogonale, sur laquelle plusieurs cigognes montent généralement la garde et son portique aux piliers couronnés de vases sont deux ouvrages construits entre le XVIe et le XVIIIe siècle,
selon un projet de Ventura Rodríguez, l'un des meilleurs architectes de son époque.
L'intérieur de l'église, très vaste, abrite plusieurs toiles, sculptures et retables. Admirez le grand retable consacré à saint Jacques et daté du XVIIIe siècle. Adossées aux murs de l'église, l'une face à l'autre, deux statues du XVIe siècle attirent le regard : un saint Barthélemy en pierre polychrome, pratiquement grandeur nature, et un
extraordinaire saint Jacques, en bois également polychrome, baptisé « Santiago beltza » (noir en basque) en raison de son visage tanné. Une représentation de l'apôtre admirable en particulier pour le travail des yeux et de la barbe.