Aunque no se puede concretar una fecha exacta de su origen, se cree que una pequeña congregación de agustinos estableció aquí un hospital para peregrinos en el
siglo XI.
Entre los
siglos XII y XIII el hospital fue habitado por la orden premostratense, pero no se conserva nada de esta época medieval. El máximo esplendor lo alcanzó en los
siglos XVI y XVIII, a los que pertenecen las construcciones actuales caracterizadas por el color rosado típico de la piedra del valle de Baztan.
El monasterio sufrió dos importantes incendios: en
1526, cuando Navarra pierde su independencia y en
1793, durante
la Convención en Francia, cuando tropas francesas invadieron la zona e hicieron arder el monasterio y la villa de Urdazubi/Urdax. En este último incendio la gran biblioteca del monasterio, con más de 9000 volúmenes, fue destruida. Tras este episodio, los monjes tuvieron que refugiarse en el santuario de Loyola hasta
1806.
Poco después, en
1839, se produce la desamortización de Mendizábal. La orden premostratense abandona definitivamente la abadía y su templo se convierten en iglesia parroquial.
Del antiguo monasterio se conservan la iglesia y el claustro. En su interior se expone una colección permanente de pintura y escultura contemporánea. Sobre el claustro, se ubica el
museo del monasterio donde a través de audiovisuales y paneles expositivos se muestra las historia de Urdazubi/Urdax, su vinculación con el Camino de Santiago y su pasado monástico.
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